内设办公室、人事处、财务处等综合管理部门和动检、植检、卫生与食品、机电等检验检疫业务处室。

下设南京机场办事处、南京港办事处、龙潭港办事处、王家湾办事处、江宁开发区办事处、经济技术开发区办事处和江北办事处。

另设有机关服务中心和技术中心(能效、电子电气、化工实验室)。

依据《进出口商品检验法》及其实施条例、《进出境动植物检疫法》及其实施条例、《国境卫生检疫法》及其实施条例履行职能,另外,《食品安全法》和《认证认可条例》也是重要的执法依据。

1.出入境动植物及其产品的检验检疫、疫情监测和实施紧急预防措施;

2.出入境人员的卫生检疫、传染病监测和口岸传染病预防与控制;

3.进出口商品的检验和监督管理工作;

4.进出口食品和动植物卫生、检疫注册、安全质量许可和出口质量许可等工作;

5.进口许可制度和民用商品的出入境验证工作;

6.出入境交通工具、集装箱及容器的卫生除害处理工作;

7.一般包装和出口危险品包装的检验鉴定;

8.收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况,为有关部门提供信息;

9.涉外资产价值鉴定和普惠制签证等工作。

南京出入境检验检疫局是1999年全国口岸机构改革时,经中编办批准成立的,系江苏出入境检验检疫局十九个分支机构之一,为副厅级规格。

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